Η ιστορία της πόλης της Mykonos ξεκινά από την αρχαία εποχή. Στον 5ο αιώνα π.Χ. οι Έλληνες έκαναν τον πρώτο επίσημο επισκέπτη της πόλης. Στον 2ο αιώνα π.Χ. οι Ρωμαίοι κατέλαβαν την Κύπρο και την Μύκονο. Στον 4ο αιώνα μ.Χ. οι Βυζαντινοί κατέλαβαν την Μύκονο. Στον 7ο αιώνα μ.Χ. οι Σαρακηνοί κατέλαβαν την Μύκονο. Στον 9ο αιώνα μ.Χ. οι Ανατολίτες κατέλαβαν την Μύκονο. Στον 11ο αιώνα μ.Χ. οι Βυζαντινοί κατέλαβαν την Μύκονο ξανά. Στον 13ο αιώνα μ.Χ. οι Γάλλοι κατέλαβαν την Μύκονο. Στον 15ο αιώνα μ.Χ. οι Ιταλοί κατέλαβαν την Μύκονο. Στον 16ο αιώνα μ.Χ. οι Ολλανδοί κατέλαβαν την Μύκονο. Στον 18ο αιώνα μ.Χ. οι Αυστριακοί κατέλαβαν την Μύκονο. Στον 19ο αιώνα μ.Χ. οι Ιταλοί κατέλαβαν την Μύκονο ξανά. Στον 20ο αιώνα μ.Χ. οι Γάλλοι κατέλαβαν την Μύκονο ξανά. Στον 21ο αιώνα μ.Χ. οι Ιταλοί κατέλαβαν την Μύκονο ξανά.