La historia de la ciudad de Heraklion es bastante antigua. Se cree que fue fundada en el siglo VIII a.C. por los dorios. Durante la época clásica, Heraklion era una ciudad importante, ya que era el centro de la isla de Creta. La ciudad fue conquistada por los romanos en el año 69 a.C. y permaneció bajo su dominio hasta el año 395 d.C., cuando fue invadida por los vándalos. Durante el siglo VI, la ciudad fue conquistada por los bizantinos. En el año 824, fue conquistada por los árabes, que la gobernaron durante dos siglos. En el año 1204, la ciudad fue conquistada por los cruzados, que la gobernaron durante diez años. En el año 1266, fue conquistada por los venecianos, que la gobernaron durante cuatro siglos. En el año 1669, la ciudad fue conquistada por los turcos, que la gobernaron durante dos siglos. En el año 1898, la ciudad fue conquistada por los griegos, que la gobernaron durante veinte años. En el año 1920, la ciudad fue cedida a Grecia por el Tratado de Sèvres.